El conflicto principal de El Señor de las moscas es la lucha entre Jack y Ralph por el liderazgo de la isla, lo que representa la oposición entre una democracia pacífica, encarnada en Ralph, y una violenta dictadura, personificada en Jack. Los dos muchachos son los posibles líderes del grupo y, si bien al principio, Jack acepta de mal grado el liderazgo de Ralph, su rivalidad se acrecienta a medida que avanza la trama y se intensifica hasta convertirse en una lucha a muerte. Ralph y Jack (y los chicos que se alinean en cada bando) representan los diferentes valores y aspectos de la naturaleza humana. Mientras que Ralph encarna el respeto por la ley, el deber, la razón y la protección de los más débiles, Jack representa la violencia, la crueldad, la manipulación de la multitud, el gobierno por el miedo y la tiranía. A medida que vemos cómo el poder de Ralph se debilita y se derrumba hasta que lo expulsan y los cazan, la trama parece mostrar que los impulsos violentos y salvajes de la humanidad son más poderosos que la civilización, intrínsecamente frágil. Y aunque Ralph es rescatado a último momento por un representante de la civilización en la persona del oficial de la marina, el hecho de que se esté librando una guerra mundial subraya la idea de que la propia civilización se ve gravemente amenazada por las fuerzas de la violencia. 

Con la guerra mundial como telón de fondo, la obra sirve como advertencia contra las consecuencias específicas de una guerra nuclear, además de como un examen más amplio de la naturaleza humana y de la presencia desestabilizante del hombre en el mundo natural. Al narrar la historia a través del grupo de jóvenes aislados de la civilización, con algunas referencias al mundo que está por fuera de los confines de la isla, la novela genera un sentido de inevitabilidad y universalidad en el relato particular de un grupo que lucha contra la naturaleza y contra los demás. Al convertir a los dos personajes principales en emblemas de dos posturas de la sociedad, Golding crea un conflicto que parece conducir inexorablemente a la destrucción de uno de ellos, pero que en cambio se resuelve con la sorpresiva introducción de la realidad exterior, “adulta”. De este modo, los acontecimientos precedentes actúan como alegoría de las acciones más consecuentes, y mucho más peligrosas, del hombre que está fuera de la isla. 

La obra se inicia con los acontecimientos que suceden al accidente del avión en la isla, por lo que el acontecimiento que desencadena la trama ocurre fuera de escena. Ralph es el primer personaje que conoce el lector, una figura que aparece como agraciada y físicamente atractiva, y el segundo es Piggy, que se presenta como su opuesto físico. Los chicos descubren una caracola y la usan para convocar al resto de los sobrevivientes. Así conocemos a Jack, que se presenta confiado y ya a la cabeza de un grupo de chicos. El grupo elige a Ralph como líder, a pesar del hecho de que “el líder más evidente era Jack”, en parte porque Ralph está en poder de la caracola. Jack acepta la decisión de mal grado y los dos se unen para explorar la isla. Jack recupera su confianza tras la humillación de perder la votación clavando su cuchillo en un árbol y declarando que será cazador, y así establece los papeles principales de los chicos: Ralph se encargará de la comunicación y de trabajar para que los rescaten, mientras que Jack se encargará de cazar para conseguir carne. Cuál de estos dos papeles es más importante será la fuente de un conflicto creciente durante el resto del libro. 

A lo largo de los capítulos siguientes se desenvuelve la acción creciente, en tanto cada chico define su papel en el orden de la joven sociedad, y Jack y Ralph se muestran cada vez más enemistados a la hora de determinar cuáles deben ser las prioridades del grupo y en qué deben concentrar las energías. Ralph insiste en mantener una señal de fuego constante por si algún barco pasa por la isla y cree que el mejor uso de los recursos está en el trabajo colaborativo para vigilar el fuego, construir refugios y recolectar fruta. Jack, en cambio, descubre un apasionado placer por la caza y privilegia matar un cerdo a vigilar la señal de fuego, lo que provoca un enfrentamiento con Ralph, que ha visto pasar un barco mientras el fuego estaba apagado. Los chicos más jóvenes de la isla expresan sus crecientes temores ante una bestia que creen que sale por la noche para amenazarlos. En una escena que el lector ve, pero de la que ninguno de los chicos es testigo, un paracaidista cae en la cima de la montaña y los chicos confunden su silueta con la de la bestia, lo que aumenta sus temores y los vuelve vulnerables a ver en Jack, que es capaz de matar cerdos, la figura que venza sus miedos. Sus cánticos, en efecto, pasan de “matar al cerdo” a “matar a la bestia”. 

Cuando los chicos matan a Simón en un frenesí de miedo y excitación violenta, el enfrentamiento entre Jack y Ralph llega a un punto de crisis, y la obra alcanza su clímax cuando Jack y su tribu roban los anteojos de Piggy, y luego lo matan cuando este intenta recuperarlas. Cuando la tribu de Jack lo ataca para robarles los anteojos, Ralph y Piggy creen que vienen por la caracola, pero para entonces, esta ya ha perdido la mayor parte de su poder simbólico, y Jack comprende que en realidad los anteojos, necesarios para encender un fuego, son el verdadero objeto de valor. Esta devaluación de la caracola sugiere que los símbolos acordados de democracia y debido proceso ya no se aplican, y que la frágil civilización que los chicos han forjado está cerca de la implosión. Al día siguiente, Piggy y Ralph van a recuperar los anteojos y un miembro de la tribu de Jack empuja una gran roca que destroza la caracola y mata a Piggy. La democracia así se derrumba y la monarquía despótica de Jack queda cimentada. Al darse cuenta de que su vida corre un peligro inminente, Ralph huye de Jack y su tribu, que se han vuelto sanguinarios y cada vez más sádicos bajo su violenta influencia. 

Hasta ese momento, los chicos mantuvieron a duras penas un equilibrio entre la voluntad de Jack de ejercer la violencia y el control de Ralph de los recursos para encender fuego y del poder simbólico de la caracola. En cuanto se destruye este equilibrio y Jack toma el control de los medios para encender el fuego y de asegurar la obediencia del resto, Ralph se ve impotente. A diferencia de Ralph, que espera que los chicos se sientan motivados a trabajar juntos, Jack está dispuesto a ejercer una influencia externa sobre los que no lo obedecen y gobierna por la fuerza, en lugar de por la persuasión. Motivados por el miedo a la violencia de Jack, así como por una mentalidad colectiva, los chicos persiguen a Ralph por toda la isla, a pesar de que no representa una amenaza real. Incluso los gemelos Samneric, que al principio simpatizaban con Ralph, se entregan a Jack después de que este los torture para que revelen el escondite de Ralph. Los chicos encienden un fuego para hacer salir a Ralph de la selva, que atrae la atención de un barco. Un oficial llega a la costa, reintroduce la civilización y los chicos se dan cuenta de los horrores que han soportado y perpetuado. El libro termina con la destrucción de la isla y el rescate de los chicos, pero con las cicatrices que reflejan “la oscuridad del corazón humano”.