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En plena guerra, un avión que evacuaba a un grupo de escolares británicos cae sobre una isla tropical desierta. Dos de los chicos, Ralph y Piggy, descubren una caracola en la playa, y este último se da cuenta de que podría utilizarse como cuerno para convocar a los demás chicos perdidos. Una vez reunidos, los chicos eligen a un líder y planifican qué hacer para que los rescaten. Eligen a Ralph como líder y este nombra a otro chico, Jack, para que esté a cargo del grupo que se ocupará de buscar comida.
Ralph, Jack y otro chico, Simón, parten en una expedición para explorar la isla. Cuando regresan, Ralph anuncia que deben encender una señal de fuego para atraer la atención de los barcos y consiguen encender madera seca enfocando la luz del sol a través de los cristales de los anteojos de Piggy. Sin embargo, los chicos se distraen jugando y dejan de vigilar el fuego, por lo que las llamas no tardan en envolver el bosque. Una gran franja de árboles arde sin control y uno de los chicos más jóvenes del grupo desaparece, presumiblemente quemado.
Al principio, los chicos disfrutan de su vida sin adultos y pasan gran parte del tiempo chapoteando en el agua y jugando. Ralph, sin embargo, se queja porque nadie se ocupa de mantener el fuego encendido ni de construir cabañas que sirvan de refugio. Los cazadores fracasan en su intento de cazar un jabalí, pero su líder, Jack, se muestra cada vez más obsesionado con el acto de cazar.
Un día, cuando ven un barco que pasa cerca, Ralph y Piggy se dan cuenta, horrorizados, de que la señal de fuego, que era responsabilidad de los cazadores, se ha apagado. Furioso, Ralph aborda a Jack, pero el cazador acaba de regresar victorioso con su primera presa y todos parecen presos de un extraño frenesí y recrean la persecución en una especie de danza salvaje. Piggy critica a Jack y este le responde con un golpe en la cara. Ralph sopla la caracola y reprende a los muchachos en un discurso que intenta restablecer el orden. En la reunión, pronto se hace evidente que algunos de los chicos han empezado a tener miedo: los más pequeños, conocidos como littluns, han estado teniendo pesadillas desde el principio y cada vez son más los que creen que hay algún tipo de bestia o monstruo que los acecha. Los mayores intentan convencerlos de que piensen racionalmente, preguntándoles dónde podría esconderse un monstruo así durante el día. Uno de los pequeños sugiere que se esconde en el mar, una propuesta que aterroriza a todo el grupo.
Poco tiempo después de la reunión, unos aviones militares sobrevuelan la isla y libran una batalla. Los chicos, dormidos, no advierten los destellos ni las explosiones. Entonces, un paracaidista muerto cae sobre la montaña donde estaba encendida la señal de fuego. Sam y Eric, los gemelos encargados de vigilar el fuego por la noche, se han quedado dormidos y no ven aterrizar al paracaidista. Cuando los gemelos se despiertan, ven la enorme silueta de su paracaídas y oyen sus extraños aleteos en el viento. Confundiéndolo con la bestia, regresan aterrorizados al campamento e informan de que esta los ha atacado.
Los chicos organizan una expedición en busca del monstruo y Jack y Ralph, cada vez más enemistados, suben a la montaña. Al ver la silueta del paracaídas desde lejos, piensan que es como un simio enorme y deforme. El grupo celebra una reunión en la que Jack y Ralph cuentan lo que han visto, entonces Jack acusa a Ralph de cobarde y sugiere que lo destituyan, pero los otros chicos se niegan a expulsar a Ralph del poder. Jack huye enfadado por la playa y llama a todos los cazadores para que se unan a él. Ralph anima a los demás chicos a encender una nueva hoguera, esta vez en la playa y no en la montaña. Estos obedecen, pero antes de terminar la tarea, la mayoría se pasa al bando de Jack.
Jack se autoproclama líder de la nueva tribu de cazadores y organiza una cacería y un violento sacrificio ritual de una cerda para celebrar la ocasión. Los cazadores decapitan a la cerda y erigen su cabeza clavada en una estaca en medio de la selva como ofrenda para la bestia. Más tarde, al encontrarse con la cabeza ensangrentada y cubierta de moscas, Simón tiene una terrible visión, durante la cual le parece que la cabeza le habla. La voz, que él imagina que pertenece al Señor de las Moscas, le dice que nunca escapará de él, pues él existe en el interior de todos los hombres. Simón se desmaya y al despertar, va a la montaña, donde ve al paracaidista muerto. Al comprender entonces que la bestia no existe en el mundo externo, sino dentro de cada muchacho, Simón regresa a la playa para contarles a los demás lo que ha visto. Los encuentra en medio de un jolgorio desenfrenado, del que participan hasta Ralph y Piggy, y cuando estos ven la sombra de Simón que emerge de la selva, lo toman por la bestia y se lanzan sobre él y lo matan con sus propias manos y dientes.
A la mañana siguiente, Ralph y Piggy discuten sobre lo sucedido. Los cazadores de Jack los atacan y les roban los anteojos de Piggy. El reducido grupo de Ralph va a la fortaleza de Jack para hacerlo entrar en razón, pero Jack ordena atar a Sam y Eric y se pelea con Ralph. En la batalla que sigue, un chico, Roger, hace rodar una roca colina abajo y mata a Piggy, además de destrozar la caracola. Ralph consigue escapar a duras penas en medio de una lluvia de lanzas.
Ralph pasa la noche escondido y, al día siguiente, los demás intentan cazarlo como a un animal. Jack ordena que enciendan el bosque para obligarlo a salir de su escondite. Ralph se queda en la espesura, donde descubre y destruye la cabeza de la cerda, pero finalmente se ve obligado a salir a la playa, adonde sabe que los otros chicos no tardarán en llegar para matarlo. Ralph se desploma agotado, pero en cuanto alza la vista, ve a un oficial de la marina británica que está de pie junto a él. El barco se acercó al ver el incendio que asola la selva. Entonces, los demás muchachos llegan a la playa y se detienen en seco ante el oficial. Asombrado ante el espectáculo de este grupo de niños salvajes y sedientos de sangre, el oficial le pide explicaciones a Ralph. Este se siente abrumado al darse cuenta de que está a salvo, pero, al pensar en lo que ha ocurrido en la isla, empieza a llorar. Los otros niños lo imitan y el oficial les da la espalda para que recuperen la compostura.
